於是,司馬紹手詔征召王敦,之後王敦移鎮姑孰。
司馬紹因畏懼王敦,所以想以郗鑒作為外援。
於是,任命郗鑒為兗州刺史,都督揚州江西諸軍事,並鎮守合肥。
王敦忌憚郗鑒,表他為尚書令還朝。
途中,王敦與郗鑒相會。
二人意見不合,因此不再見面,但仍強留郗鑒。
王敦黨眾勸王敦殺死郗鑒,但王敦不肯。
之後,郗鑒回朝,與司馬紹共謀討伐王敦。
王敦侄兒—王允之受王敦喜愛,經常跟隨著王敦。
一次,王敦在夜裡與親近的人一起喝酒,王允之稱醉倒下。
王敦則與錢鳳商討叛逆篡位的事,王允之聽到了全部內容,之後當場嘔吐大作。
錢鳳走後,王敦再看王允之,見他嘔吐得衣身都沾汙了,以為他已經醉得不省人事,於是不再懷疑。
之後,王允之要求去見當時在朝中任廷尉的父親王舒,到後則將王敦的圖謀告訴父親。
於是,王舒與王導一同報告司馬紹,暗中作好準備。
此時,王敦集團繼續為篡位作準備,如周劄一族在當時十分強盛。
一共有五人獲封侯,是最大勢力的江南士族,因此王敦十分忌憚周氏。
王敦於此時患病,錢鳳勸他鏟除周氏,王敦同意。
又因周嵩因為王敦在上一年殺害其兄—周顗而懷恨在心,稱王敦的指定繼承人—王應不宜領兵,令王敦十分厭惡。
最終,王敦於次年誣陷周嵩與侄兒—周莚與當時一名施行法術的道士李脫圖謀不軌,將他們收捕處死。
另外,王敦又派參軍—賀鸞與在吳國的沈充一同盡殺周劄的家人,又進兵會稽,周劄在對戰中遇害。
王敦又殺害冉曾、公乘雄等數名晉元帝的腹心。
王敦的病情越來越嚴重,於是矯詔讓王應任武衛將軍,作為自己副手。
又任命王含為驃騎將軍,開府儀同三司。
錢鳳有一次問王敦一旦他身故,是否應一致擁戴王應,將所有事交給他。
王敦說今天做的不是非常的事,不是常人可以擔當,而王應年少,不能擔當大事。
說他死了以後,上計是解兵回歸朝廷;
中計則是退守武昌,擁兵自守;
下計則是謀反動亂,顛覆朝廷。
錢鳳卻認為,下計才是最好的計謀,與沈充決定在王敦死後發動叛亂。
之後,丹陽尹出缺,王敦表溫嶠為丹陽尹,意圖借此監視朝廷動靜。
但溫嶠卻向司馬紹報告王敦的圖謀,更與庾亮一同策劃討伐王敦的計劃,令王敦大怒。
司馬紹知道王敦病重的消息後,一方面派人去問候王敦,另一方面卻微服到蕪湖觀察王敦的營壘,又向大臣詢問王敦的起居。
後問光祿勳應詹應否討伐,應詹勸他討伐,於是決定了進攻。
加司徒王導為大都督,領揚州刺史;
以溫嶠和卞敦守石頭城,應詹守朱雀橋,郗鑒都督從駕諸軍事。
另亦召命臨淮太守—蘇峻、兗州刺史—劉遐、徐州刺史—王邃、豫州刺史—祖約、廣陵太守—陶瞻一同入建康保衛建康並助討王敦。
王導帶領子弟為王敦發喪,而司馬紹亦假稱王敦已死,下詔討伐王敦的黨羽。
眾人都以為王敦已死,士氣增強。
王敦接詔後大怒,但因病重而不能領兵,於是命王含為元帥。
命錢鳳與冠軍將軍—鄧嶽及周撫領兵攻向建康,並以誅殺奸臣—溫嶠為名號。
王含水陸並進,領五萬兵到江寧南岸,逼近建康,眾人驚懼。
溫嶠移駐北岸,並燒毀朱雀桁,令王含不能渡過秦淮河攻擊。
期間,王導曾試圖勸降王含,但王含沒有回答。
後來,司馬紹率諸軍出屯南皇堂。
並在一夜招募壯士,派將軍—段秀和中軍司馬—曹渾等率千兵渡過秦淮河,攻其不備。
之後,在清晨在越戰與王含交戰,大破王含軍,並斬將領何康。
王敦知道王含兵敗後大怒,更試圖要起身領軍反攻,但因病重而不能起身。
錢鳳後亦到江寧南岸,與司馬紹所率諸軍交戰,頻頻戰敗。
王敦知自己不久人世,向少府—羊鑒和王應要求,在他死後要先置文武百官才辦喪事。
不久王敦病逝,王應秘不發喪,用蠟處理屍體並埋在屋中就與諸葛瑤等縱情聲色。
司馬紹亦曾派人以司空之位引誘沈充歸降,但沈充拒絕,領兵攻向建康。
早前宗正卿—虞潭因病回會稽,聽聞沈充起兵後即在余姚起兵討伐沈充,司馬紹於是任命虞潭為會稽內史。
前安東將軍—劉超和宣城內史—鍾雅亦起兵討伐王敦,義興人—周蹇亦殺王敦任命的太守—劉芳,祖約亦驅逐王敦任命的淮南太守—任台。
沈充及後帶領一萬多兵與王含軍會合, 司馬—顧颺獻計沈充——上計建議他引湖水灌入建康,乘水勢以水軍入城;
中計建議他集合兵眾,全力進攻;
下計為殺死錢鳳歸降,但沈充都不接納。
之後,劉遐和蘇峻等軍來到,沈充與錢鳳打算趁遠度南下的劉遐等軍疲乏而攻擊。
於是,領兵渡過秦淮河,護應詹、趙胤等領兵抵抗,但不果。
沈充和錢鳳及後到達宣陽門,遭到劉遐和蘇峻擊破,劉遐及後又在青溪大破沈充。
當時,尋陽太守—周光因王敦興兵而領數千人趕來,到後求見王敦。
但王應以王敦患病而推卻,於是周光推論王敦已死,更向哥哥周撫說:“王敦已死,你為何仍與錢鳳等人一起做逆賊?”
各部眾聽後,全都感到十分愕然。
王含見多次戰敗,決定燒營逃走。
司馬紹回宮大赦,但王敦黨眾不赦,並命諸將追擊王敦各黨羽。
比如,派庾亮督蘇峻等追擊沈充,溫嶠督劉遐等追擊王含、錢鳳。
當時,王含想到荊州投靠王舒,但王應認為到江州投靠王彬更好。
結果,王含不聽從王應所說,反而投奔荊州。
王含與兒子乘船到荊州,王舒派兵迎接,但其實是命人推他們進江水中溺死。
王敦屍首被起出,焚毀衣服,並跪著斬下頭顱示眾。
錢鳳到闔廬洲時被周光殺死;
沈充則誤入舊將—吳儒的家,被吳儒殺死,並傳首至建康,與王敦的頭一同掛在朱雀桁上。
至此王敦之亂正式結束。